並行世界を越えての意志疎通ができないか模索。
キョウはカミナギと哨戒で敵とでくわす。
戦闘が終わり、オケアノスへ帰還すると、ガルズオルムのシンが艦内に侵入。
シンはカミナギとの会話で和解、心を許し自身のデータを一部移植。カミナギは感情と引き換えに現実世界での自由を得る。
オケアノスは舞浜サーバーへ帰還することを提案するが、部隊は意図がわからない。さらに舞浜サーバーの位置が何者かに特定されてしまう。
シンとアビスが舞浜サーバーに侵入、ゼーガペインが追いかける。
ガルズオルムに舞浜サーバーが破壊されたと思いきや、月面にデータをムーブしていたため無傷。このための作戦秘匿だった。
邪馬台国が襲来するが、ヤマタノオロチが鉄壁の防御で倒せない。
マジンカイザーの冷凍ビーム、グレートマジンガーのグレートブースターと、鋼鉄ジーグのマッハドリルのコンボでヤマタノオロチを退ける。
GGGは戦艦フツヌシがいかなる物質でも複製できる機能を利用、勾玉を複製する。
勾玉とGストーンの複製で完成した、DDコミュニケータ開発により並行世界間で会話ができるようになる。
ハーマン司令が来訪、自身の軍に剣人と宙が参加しないことから剣人らと口論になるが、和解。
ミスリルがダムラン襲撃を鎮圧するために動く。
ゲイツたちと交戦するが分が悪く、一時撤退。
宗助に負担がかかりすぎていることが指摘され、かなめ護衛が解任されてしまう。
クルーゾーが転属し、宗助を模擬戦で圧倒する。
かなめがレイスに接触、アマルガムによって窮地に立たされるかなめだが、敵の奇襲をなんとか免れる。
メタルビーストが襲来、インベーダーとの関連が取りだ足される。
ミスリルの作戦が始まろうとするが、宗助は去ってしまう。
ガウルンのいる部屋で宗助は自身の過去を想起、ガウルンは部屋もろとも自爆してしまう。
自暴自棄の宗助の前にかなめが現れ、激励。宗助は戦う意思を新たにする。
ゲイツのヴェノムを圧倒し、アーバレストはラムダ・ドライバを完全に発動する。アーバレストのラムダストライクでミスリルが勝利する。
議会で宗助は待遇改善を立案、学校生活とかなめの護衛を継続させ、戦いは続く。
ゼーガペインと、フルメタル・パニックTSRが話の主軸だった。
味方部隊は交信手段を確立し、より有利に。ゼーガペインの戦いも進む。
ハーマン司令やフルメタの議員が出てくる。モブキャラも充実で、バラエティに富むシナリオだった。