メグ（スパロボDD）がアムロ（逆襲のシャア）にメラフディンの改造を持ちかける。
シャイング卿（亡国のアキト）が総帥に選ばれる。
満身創痍のアレクサンダと日向アキト（亡国のアキト「以下アキト」）はオケアノス（ゼーガペイン）に拾われていた。
ワイヴァン隊に編入したアキトらは特効を強いられる。
ブレインレイドでアキトと部隊の脳波が入り乱れる。その戦いでシャイングがアキトの兄であることが判明。
ショウ（ダンバイン）、シオン（サーバイン）、鉄也（グレートマジンガー）、アレルヤ（ガンダムダブルオー）らが市街地を散策するが、ID抹消でレイラ（亡国のアキト）の資金が凍結。行きずりの老婆らに宿と仕事をもらう。
キングスレイがAEU、ユーロピアに宣戦布告。キングスレイの正体がゼロことルルーシュであることが判明。 （反逆のルルーシュ）
方舟で戦うアキトら。激戦で決着はつかなず、アキトが行方不明になる。
レイラたちが拠点を防衛する。しかし罠にかかけられ、自分たちの部隊が壊滅したという誤報が流れる。
シャイングとレイラが情報を探り会うなか、アキトは生きていたことが判明。
シャイングと戦うなかで、戦術兵器の発射が迫り、カウントダウンが始まる。
アキトはアレクサンダ・リベルテに乗り換える。
wZERO司令部が襲撃され、ギアスのルーツが明らかになる。
アキトとシン（シャイング）の兄弟は、いつも一緒だったが、ギアスを授けられたことで対立していた。
アキトはシャイングに勝ち、自身の出生の秘密を知る。
敵司令部が破壊され、wZERO部隊は勝利する。レイラやアキトはディバイントゥアーズに参加する。
アルドノアドライブがデューカリオンから抜き取られていた。
アセイラムの生存が判明、スレインはザーツバルムに拾われていた。（アルドノア・ゼロ）
ベガ星の敵組織が攻めてくる。ゴーマン（グレンダイザー）とベンメル（ダイターン3）が罠をはり、謎の逃走をする。
メカギルギルガンが襲来、ダイターンとグレンダイザーが立ち向かうが倒せない。
火星騎士の力を借りるイナホ（アルドノア・ゼロ）たち。イナホがギルギルガンの弱点を立案する。
ロンドベル隊（逆襲のシャア）が加勢する。スーパーロボットとサイコガンダム（Zガンダム）がメカギルギルガンを破壊する。
火星とヴァースの和平交渉への道が今後の課題だと、万丈（ダイターン3）らが対策を考える。
２章もPart7まで来た。
亡国のアキトとアルドノア・ゼロが主役だった。
ダイターンとグレンダイザー、オーラバトラーとグレートマジンガー、ガンダムキュリオスらが活躍。
ヴァースと、他勢力の対立が支柱のストーリーだった。
メカギルギルガンはスパロボ過去シリーズのボスで、懐かしの登場。
新規参戦のアルドノア・ゼロは今後も活躍に期待。
シナリオ追加は、3章がどうなるかに注目している。新たな参戦が楽しみだ。
